Hygienická stanice hl. m. Prahy je správním úřadem působícím pro území hlavního města (ve smyslu zákona č. 258/2000 Sb., § 82, odst. 1). Funkci zřizovatele plní Ministerstvo zdravotnictví ČR, které je současně jejím nadřízeným orgánem.
Hygienická stanice má sídlo v Praze 1, Rytířská 404/12. Se zřetelem k potřebám operativnosti výkonu státního zdravotního dozoru jsou zřízeny pobočky:
- Pobočka Centrum – Praha 7, Dukelských hrdinů 11
- Pobočka Sever – Praha 9, Měšická 646
- Pobočka Jih – Praha 4, Němčická 8/1112
- Pobočka Východ – Praha 10, Jasmínová 2905/37
- Pobočka Západ – Praha 5, Štefánikova 17
- Pobočka Severozápad – Praha 6, Nechanského 1/590