Oddělení sekretariátu zahrnuje činnosti přenesené i samostatné působnosti. Zajišťuje organizační a administrativní záležitosti odboru, dále právní agendu v oblasti zdravotnictví včetně zpracování stanovisek k žádostem o poskytování informací dle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím, administruje poskytování dotací z rozpočtu HMP v oblasti zdravotnictví a koordinuje paliativní péči na území hl. města Prahy.